1979 yılında Nevşehir’de doğdu.
Atatürk İlkokulu’nu, ardından Nevşehir Anadolu Lisesi’ni bitirdi.
Gazi Üniversitesi Hukuk Fakültesi’nden 2001 yılında mezun oldu.
Ak Parti’nin Nevşehir’de kuruluşundan beri parti bünyesinde çalışmalara katıldı.
Önce Gençlik Kolları Siyasi ve Hukuki İşler Başkanlığı, ardından 2004 – 2006 yılları arasında ise Ak Parti Gençlik Kolları Nevşehir İl Başkanlığı ve beraberinde, Ak Parti İl Yönetim ve Yürütme Kurulu üyeliklerinde bulundu.
Kapadokya Çevre ve Kalkınma Derneği, Nevşehir İnsan Haklarını Koruma Derneği gibi derneklerin kuruculuğunu yaptı.
2006 yılında yapılan Nevşehir Merkez İlçe seçimine geniş bir katılımla aday olarak gösterildi.
2006 yılında bir süredir bekleyen askere gitmek için aktif siyasete ara verdi.
Bingöl 49. Motorlu Piyade Tugay Komutanlığı bünyesinde hukuk danışmanı olarak askerlik hizmetini tamamladı.
Birçok sivil platformda yer alan başta Ak Parti ve Nevşehir Barosu üyesi olan Ebubekir Gizligider 2002 yılından bugüne Nevşehir Barosuna kayıtlı olarak serbest avukatlık yaptı.
2011 genel seçimlerinde aday olan Gizligider, TBMM 24. Dönem Milletvekili olarak meclise girdi.
24. Dönem AB Komisyonu , Türkiye-AB Karma Parlamento Komisyonu ve Anayasa Komisyonu Üyesi olan Gizligider aynı zamanda Türkiye Bangladeş Dostluk Grubu başkanlığını yürütmektedir.
25. Dönem AK Parti Nevşehir Milletvekili Adayı oldu.
26. Dönemde yeniden Nevşehir Milletvekili olarak Türkiye Büyük Millet Meclisi’ne girdi.
Feyza Gizligider ile evlidir.
Hüseyin Kerem ve Emir Tuna isimlerinde iki erkek çocuğu bulunmaktadı